微软亚洲研究院的研究员受聘到学校聘担任客座教授，是微软亚洲研究院人才培养的另一种重要方式。截至目前，微软亚洲研究院已经有81人次参与了这个项目，与34所高校进行了合作。
微软亚洲研究院遵照学校的要求，挑选具有博士学位或者在软件工程领域有丰富经验的研究员或者开发经理，他们都有能力也愿意在推进学科专业建设、实验室建设、师资队伍建设、促进学术交流和合作等方面发挥作用。这些研究员或者开发经理都会经过学校客座教授的审批程序。接受聘任后，这些研究员都会按照与挂靠院系的约定，认真的履行客座教授义务。
微软亚洲研究院的研究员在履行客座教授义务的过程中，不断探索更有效率，学校受益更多的模式，他们在参与实验室建设、帮助申请国家自然科学基金项目、开设具有产业特色的课程、参与软件学院课程设置规划等方面都做过贡献。经过探索，研究员发现联合培养博士生是更能够可持续发展的模式，对学校和学生的贡献也更深入。
微软亚洲研究院的研究员在成为客座教授以后，按照所在学校的博士生指导教师的资格审核的条件和程序，经审核通过后成为该学校博士生导师。联合培养的博士生按照国家规定招生，在学校完成全部的基础课程，在研究院和学校两地完成其论文，由学校导师和微软亚洲研究院的研究员共同指导，该学生定期向双方导师进行学业和研究成果汇报。
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