本着“创一流科研水平、培养一流人才”的宗旨，微软亚洲研究院和一些中国知名高校合作建立联合实验室，共同探索校企研究合作的新模式、培养高水平的计算机研究人才。2004年11月8日，作为“长城计划”的一部分，微软亚洲研究院与教育部科技司合作，将五个建设了两年以上的联合实验室纳入教育部重点实验室的管理体系。共同建设了第一批“教育部-微软重点实验室”：“清华大学媒体与网络技术教育部-微软重点实验室”、“浙江大学视觉感知教育部-微软重点实验室”、“哈尔滨工业大学语言语音教育部-微软重点实验室”、“香港科学技术大学信息技术教育部-微软重点实验室”、“中国科学技术大多媒体计算与通信教育部-微软重点实验室”。在此之后的2年时间里又陆续建立的四个新的联合实验室：“北京大学微软统计与信息技术实验室”、“香港中文大学微软利群计算及界面科技联合实验室”、“上海交通大学微软智能计算与智能系统实验室”、“北京电影学院微软数字化卡通与动画实验室”，2007年6月1日，“西安交通大学微软智能信息处理实验室”成立
。迄今为止，联合实验室的数量增加至十个。
